Важнейшим условием обеспечения эффективности всей национальной системы ПОД/ФТ/ФРОМУ является координация деятельности входящих в неё ведомств и организаций. 

В целях повышения качества взаимодействия в сфере противодействия легализации доходов, полученных преступным путём, финансированию терроризма и финансированию распространения оружия массового уничтожения, Служба заключает межведомственные соглашения о сотрудничестве с заинтересованными государственными органами осуществляющими деятельность в данном направлении. 

В связи с тем, что Служба является уполномоченным органом по осуществлению координации деятельности государственных органов в сфере ПОД/ФТ/ФРОМУ, особое внимание уделяется механизмам выработки и реализации согласованных решений как во внутренних так и в международных вопросах связанных с противодействием легализации преступных доходов, финансированию терроризма и финансированию распространения оружия массового уничтожения. 

В этих целях создана Межведомственная комиссия по противодействию легализации доходов, полученных преступным путем, финансированию терроризма и финансированию распространения оружия массового уничтожения (далее - МВК), в состав которой входят представители министерств, ведомств, а также военных и правоохранительных органов. 
На заседаниях МВК рассматриваются вопросы совершенствования национальной системы ПОД/ФТ/ФРОМУ, включая её нормативное регулирование, выполнения Плана мероприятий по реализации Концепции национальной стратегии ПОД/ФТ/ФРОМУ, а также другие вопросы, связанные с развитием национальной антиотмывочной системы.